در سال ??? هـجری - قمری بابک خرم دین با استفاده از ضعف خلافت مرکزی مأمون - خلیفه عباسی که درخراسان به سر می برد - قیام کرده قسمت های مهمی از شمال شرقی آذربایجان را دراختیار گرفت. از این پس، از ‌سلطه دستگاه خلافت برآذربایجان تا حد زیادی کاسته شد. بقایای قلعه بابک بر بلندای کوهی در نزدیکی کلیبر واقع در آذربایجان شرقی هنوز باقی است. سلسله های ایرانی بعد از اسلام مانند طاهریان، صفاریان، سامانیان و غزنویان که از شرق ایران برخاسته حکومت های مستقلی تشکیل دادند، هیچ گاه نتوانستند قلمرو خود را به آذربایجان برسانند. دراین مدت که از سال 205 هجری قمری (تأسیس سلسله طاهریان)‌ شروع و تا سال 429 هـ‌ ق (‌آ‎غاز حکومت سلجوقیان)‌ ادامه می یابد، حکومت های محلی متعددی قدرت را در آذربایجان به دست گرفتند. آخرین حکام مقتدر این ایالت، ‌ساجیان (317 ـ 276 هـ‌. ق) بودند که آن ها نیز عاقبت بر ضد خلفا قیام کردند. پس از سقوط ساجیان، سلسله های محلی دیگری در آذربایجان به قدرت رسیدند که از آن جمله می توان از روادیان نام برد. در دوران حکومت ساجیان ‌(بنی ساج) ‌و حکومت بعد از آن حکم رانان قسمت شمالی رود ارس به حکام آذربایجان خراج می دادند که از معروف ترین آنها شیروان شاهای، ‌خداوندان شکی، حکام گرجستان، روادیان و حکام ارمنستان بودند. در آغاز قرن پنج هجری (یازدهم میلادی) ‌ترکان «غز» به فرماندهی سلجوقیان، نخست با دسته های کوچک و سپس به تعداد بیش تر، راهی آذربایجان شده آن جا را به تصرف در آوردند. در 531 هجری (1136 میلادی)‌ آذربایجان به دست«اتابک ایلدگز»‌ (‌الدگوز) افتاد که تاحمله کم دوام جلال الدین خوارزم شاه (31 ـ ‌1225 م، 28 ـ ‌622 هـ‌. ق) ‌وی و اولادش بر آذربایجان حکومت کردند. با حمله مغولان و ورودهلاکوخان ایلخان (1256 م، ‌654 هـ. ق)‌، ‌آذربایجان مرکز شاهنشاهی بزرگ وی شد که از آموی تا شام امتداد داشت. با ضعف ایل خانان مغول، امرای مستقلی در آذربایجان قدرت یافتند که از آن جمله می توان به جلایریان، ‌چوپانیان و ترکمانان اشاره کرد.
پس از تصرف آذربایجان به دست شاه اسماعیل اول صفوی (‌1502 م، ‌907هـ. ق)‌ این سرزمین سنگر گاه اصلی و مرکز عمده‌ گرد آوری قوای نظامی برای شاهان صفوی شد. در زمان صفویه آذربایجان محل جنگ های خونین میان سپاهیان ایران وعثمانی بود. پس ازسقوط دولت صفویه، نادر شاه افشار با کوتاه کردن دست عثمانیان از آذربایجان و یک پارچه کردن ایران، در دشت مغان رسماً تاجگذاری کرد. کریم خان زند در سال 1175 هجری (1755 میلادی)‌ آذربایجان را از دست خان های محلی که پس از مرگ نادر شاه قیام کرده بودند، باز پس گرفت. اما پس از مرگ او بار دیگر خوانین محلی سر برآوردند، تا این که آغا محمد خان قاجار در سال 1205 هجری(1785 میلادی) ‌موفق شد که آذربایجان را مطیع حکومت مرکزی کند. این منطقه که هم اکنون یکی از مناطق آباد و پررونق جمهوری اسلامی ایران است در سال 1316 به صورت استان مستقل درآمد که در برگیرنده شهرها, دهستان ها و روستاهای بسیاری است